С 1995 г. в консерватории действует аспирантура. За это время ею руководили Е.М. Биктеева (1995-1997), кандидат педагогических наук Г.Л. Климова (1997-1998), кандидат биологических наук О.М. Базанова (1998-2001). В настоящее время аспирантуру возглавляет старший преподаватель Н.В. Назарова.

С августа 2000 г. в Магнитогорской консерватории открыта докторантура по научной специальности «Музыкальное искусство». В аспирантуре и докторантуре МаГК получают послевузовское образование музыканты из Москвы, Челябинска, Оренбурга, Тольятти, Орска, Якутска. Их творческими и научными руководителями являются: доктора искусствоведения, профессора М.М. Берлянчик и С.А. Закржевская; кандидаты искусствоведения, профессора А.А. Глазунов и Г.Ф. Глазунова, доценты Л.А. Куприянова и О.А. Урванцева, а также профессора Московской консерватории Е.Б. Долинская, Г.А. Писаренко, А.В. Корнеев, доцент А.Б. Диев и др.

В настоящее время в ассистентуре-стажировке МаГК обучаются и наши выпускники по специальностям: «Фортепиано», «Оркестровые струнные инструменты», «Оркестровые духовые инструменты», «Инструменты народного оркестра», «Академическое пение», «Камерный ансамбль», «Концертмейстерское мастерство», «Дирижирование академическим хором», «Оперно-симфоническое дирижирование», «Композиция»,

В аспирантуре по специальности 17.00.02 «Музыкальное искусство» обучаются и музыканты из Южной Кореи. Российский сертификат об окончании аспирантуры высоко ценится за рубежом.